Sie sollten erstmal genau klären, was mit "Erstellen der Baugesuchsunterlagen" gemeint ist. In HOAI-Grundleistungen gesprochen, könnten das die Leistungsphasen 1 bis 3 und Teil der Lph. 4 sein, aber ohne nähere Definition lässt sich weder ein vertraglich geschuldeter Leistungsinhalt bestimmen noch kann irgendjemand definieren, ob die Leistungen eigentlich vollsränidg erbracht, abnahmefähig und schlussrechnungsreif sind. Also: Finger weg von solchen pauschalen Begriffen! Lassen Sie sich detailliert auflisten, welche Leistungen genau erbracht werden. Vergleichen Sie mit den von Ihnen benötigten und gewollten Grundleistungen, die Sie in Gänze hier finden (wobei Sie ggf. nicht alle Grundleistungen benötigen, das können aber nur Sie wissen): https://www.hoai.de/hoai/volltext/hoai-2021/#A10

Abbrucharbeiten sind nicht von den Grundleistungen der HOAI erfasst. Eine häufige Art der Vergütung ist es, die Kosten des Abbruchs zu den anrechenbaren Kosten zu zählen, wenn ein Honorar nach HOAI berechnet wird. Hier stellt sich nicht nur die Frage, was dieses Konzept genau beinhaltet (siehe Details zuvor) und welche Leistungen dazu ggf. noch erforderlich (z.B. Schadstoffuntersuchungen, die sowohl für den Arbeitsschutz der Abbrechenden als auch zur Entsorgung und Verwertung von Materialien aller Art heute praktisch Pflicht sind?), sondern auch, wie dies vergütet werden soll – pauschal, auf Zeithonorarbasis oder auf eine andere Berechnungsart?

Eine Bauleitererklärung ist etwas, was mit Versand maximal eine Stunde in Anspruch nehmen dürfte. Wofür die erforderlich ist und für welche Leistungsphase sie einen Sinn ergeben soll, erschließt sich nicht, wenn Sie nur die Baugenehmigung haben wollen. Aufpassen, dass hier nicht durch die Hintertür ein weiterer Auftrag zur Objektüberwachung beim Bau entsteht, wenn Sie das nicht wollen! 

Jeder darf seine Leistungen anbieten wie er will, Sie müssen sie ja nicht einzeln beauftragen. Es handelt sich hier wohl nur um separate Abrechnungspositionen, die ggf. zeitlich versetzt ausgeführt werden – dann weiß man, was schon in welcher Höhe abgerechnet werden kann und was noch nicht. 

Nebenkosten 3% auf das Honorar sind üblich, es fragt sich aber, wieso die nicht schon eingerechnet sind.

Zu Kosten gilt der alte Grundsatz:

Erst sprechen wir über Leistung, dann über Honorar!

Solange also nicht genau klar ist, welche Leistung hier erbracht werden soll und wie sich andererseits das angebotene Honorar zusammensetzt oder errechnet, kann man kaum etwas zur Angemessenheit sagen.

Eine Preisbindung der HOAI-Tabellenhonorare gibt es seit 2021 nicht mehr, § 2a HOAI https://www.hoai.de/hoai/volltext/hoai-2021/#P2a. Die HOAI hat also nur noch "Auffangcharakter", wenn gar nichts zum Honorar vereinbart wurde, § 7 Abs. 1. Ein vereinbartes Honorar darf heute ganz legal unterhalb der Basissätze oder oberhalb der oberen Sätze liegen.

Wenn Sie trotzdem das angebotene Honorar mit einem HOAI-Honorar vergleichen möchten, müssten Sie zunächst einmal definieren (siehe oben), welche Grundleistungen im Leistungsbild Gebäude (sofern keine technische Ausrüstung und keine Tragwerksplanung berührt sind) genau zu erbringen sind, denn nur für die wird ein HOAI-Honorar berechnet, § 8 Abs. 1 und 2, wobei die HOAI im Verordnungstext für einzelne Grundleistungen kein Teilhonorar ausweist*. Dann müsste für die Bauaufgabe eine Honorarzone bestimmt werden. Zuletzt muss man die anrechenbaren Kosten nach § 4 Abs. 2 ermitteln, die nur bekannt sind, wenn eine Kostenberechnung oder zumindest eine Kostenschätzung vorliegen, § 6 Abs. 1 Satz 2 Nr. 2, und dabei die möglicherweise mitverarbeitete Bausubtanz, § 2 Nr. 7 und § 4 Abs. 3, nicht vergessen. Ein Umbau- und Modernisierungszuschlag wird mit 20% des Honorars angesetzt, wenn nichts anderes vereinbart ist, § 6 Abs. 2.

Die Prüfung, ob das angebotene Honorar oder ein HOAI-Berechnungshonorar höher sind, nutzt Ihnen nach erfolgter Genehmigung, also lange nach der Erbringung der angebotenen Leistungen, nicht mehr viel. Vereinbart ist vereinbart und die Vergütung ist so zu entrichten, wie sie im Vertrag steht. Sinn machen würde das nur vorab, bevor Sie eine Vergütungsvereinbarung treffen, wenn Sie die im vorigen Absatz genannten Honorarparameter einmal abschätzen und sinnvolle Annahmen zu den Herstellungskosten treffen.

* Teilleistungshonorare gibts aber in einschlägigen Kommentaren und Veröffentlichungen, z.B. in der gerade erschienenen 3. Auflage des (von den Betreibern dieses Forums herausgegebenen) HOAI-Taschenkommentars im Werner-Verlag unter https://shop.wolterskluwer-online.de/privates-baurecht-werkvertragsrecht/08254058.y/.